凝膠成像儀主要用于蛋白質、核酸凝膠成像及分析，系統提供白光和紫外光以及藍光光源進行拍攝凝膠，由系統自帶的圖像捕捉軟件捕捉拍攝圖像，然后由系統自帶的圖像分析軟件對拍攝的圖像進行分析。
從整體總的來說凝膠成像儀（系統）可應用于：蛋白質、核酸、多肽、氨基酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分離純化結果作定性分析：
（1）分子量定量
對于一般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNAMarker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結果較肉眼觀察估計要準確很多。
（2）密度定量
一般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區(qū)分各個長度片段的濃度。利用凝膠成像系統和軟件,先將DNA膠片上某一已知其DNA含量的標準條帶進行密度標定以后,可以方便的單擊其他未知條帶，根據與已知條帶的密度做比較，可以得到未知DNA的含量。此方法也適用于對PAGE蛋白膠條帶的濃度測定。
（3）密度掃描
在分子生物學和生物工程研究中，我們常用到的是對蛋白表達產物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統的方法就是利用專用的密度掃描,但利用生物分析軟件結合現在實驗室常規(guī)配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項工作。
（4）PCR定量
PCR定量主要是指，如果PCR實驗擴增出來的條帶不是一條，那么可以利用軟件計算出各個條帶占總體條帶的相對百分數。就此功能而言，與密度掃描類似，但實際在原理上并不相同。PCR定量是對選定的幾條帶進行相對密度定量并計算其占總和的百分數，密度掃描時并對選擇區(qū)域生成縱向掃描曲線圖并積分。
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